Jurusan Ilmu Kelautan Universitas Trunojoyo didirikan atas dasar pertimbangan bahwasanya, wilayah Jawa Timur pada umumnya dan wilayah Madura pada khususnya memiliki potensi perikanan yang cukup besar untuk dikembangkan. Dipilihnya Jurusan Ilmu Kelautan sebagai jurusan yang dibuka, agar nantinya lulusan yang dihasilkan memiliki kompetensi keilmuan yang berbeda dengan lulusan Jurusan Kelautan lainnya dari universitas lainya. Jurusan Ilmu Kelautan merupakan salah satu dari 4 jurusan yang ada di Fakultas Pertanian Universitas Trunojoyo, yang didirikan pada tahun 2001, tepatnya Tanggal 30 April Jurusan Ilmu Kelautan mulai menyelenggarakan proses pendidikan, berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi No.108/DIKTI /Kep/2001.
Dalam perkembangannya berdasarkan hasil evaluasi akademik dan administratif yang dilakukan oleh Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi, Jurusan Ilmu Kelautan mendapatkan Ijin Penyelenggaraan Program Studi Ilmu Kelautan (S1), berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi No. 010/D/T/2004. Jurusan Ilmu Kelautan Universitas Trunojoyo Madura diharapkan dapat menghasilkan lulusan yang berkualitas untuk mengisi lapangan pekerjaan di berbagai sektor baik formal maupun informal, seperti :
- Instansi pemerintah seperti Departemen Kelautan dan Perikanan, Departemen Kehutanan (KSDA), Badan Meteorologi dan Geofisika, LIPI, BPPT, Angkatan Laut, Perguruan Tinggi (dosen).
- Pihak swasta seperti perusahaan perikanan dan kelautan, operator wisata bahari, perusahaan pelayaran (Samudera Indonesia, dll), perusahaan eksplorasi minyak lepas pantai, maupun konsultan-konsultan lingkungan.
- Lembaga swadaya masyarakat yang bergerak dibidang lingkungan seperti World Wildlife Fund (WWF) dan The Natur Conservancy (TNC).
- Berwiraswasta dengan membuka usaha tambak, budidaya laut, maupun pengusaha penangkapan ikan.